1898年戊戌变法，经光绪皇帝下诏，京师大学堂在孙家鼐的主持下在北京创立，最初校址在北京市景山东街（原马神庙）和沙滩（故宫东北）红楼（现北京五四大街29号）等处。许景澄任中学总教习，美国传教士丁韪良（W. A. P. Martin）任西学总教习。1900年，八国联军进入北京后，京师大学堂遭受破坏。1902年12月17日，京师大学堂恢复。吏部尚书张百熙任管学大臣。吴汝纶和辜鸿铭任正副总教习，严复和林纾分任大学堂译书局总办和副总办。创办于1862年洋务运动期间的京师同文馆也并入大学堂。1904年选派首批47名学生出国留学。
　　京师大学堂是中国第一所国立综合性大学，也是当时中国的最高教育行政机关，统辖各省学堂。
　　辛亥革命后，京师大学堂改名为北京大学。民国成立后，严复被任命为京师大学堂总监督，接管大学堂事务。1912年5月，京师大学堂改名为北京大学，严复成为北京大学的首任校长。