昙石山文化距今四五千年，以闽候昙石山遗址为代表，以闽江中下游为中心，连接闽台两省，是福建古文化的摇篮，先秦闽族的发祥地。它的出现，惊现了不为人知的先秦闽族文化，将福建文明史由原来的3000年向远古大大推进了一步。
　　昙石山文化作为福建的地域文化，与台湾岛的古代文化也有着一定的联系。其中中层文化与台湾高雄的凤鼻头第三、四期贝丘文化有不少相似之处，通过碳14测定的年代也大致相当，而其中彩陶、有段石锛和拔牙习俗接近。这表明当时闽台两地的居民已经有了密切的往来和联系。昙石山文化的探索对两岸古代文化研究有非常重要的意义。
　　昙石山遗址博物馆主馆区展示昙石山文化特色主题的遗址考古实物内容，南侧的古民居建筑修复后将陈列喜寿婚庆、家庭劳动等清至近代民俗文物，在模拟考古，陶器作坊，复原古屋区观众可以参与考古实践，在馆区东北端、南端和昙石山山顶，设置标志性雕塑和艺术群雕，反映昙石山人的生活、劳作等场景。考古现场展示再现考古发掘现场原貌。